Położenie geograficzne Malty zawsze wpływało na jej dzieje i było powodem wielu zawirowań historycznych. Od Sycylii dzieli ją tylko 93 km w kierunku północnym, od zachodu 288 km do wybrzeży Tunezji, a na południe 352 km do granic Libii. Takie strategiczne położenie sprawiało, że wyspa była w przeszłości obiektem zainteresowania wielu cywilizacji i mocarstw. Na przemian rozwijała się w szybkim tempie, albo przez kolejne podboje ulegała ogromnym zniszczeniom.

Malta zasiedlona została już w epoce kamiennej. Najstarsze zachowane do dziś zabytki kulturowe pochodzą z okresu paleolitu, neolitu i brązu. Pierwsze ślady człowieka pochodzą z około 5200 r. p.n.e., kiedy to wąskim przesmykiem lądu, jaki najprawdopodobniej łączył wtedy Sycylię i Maltę, przedostali się tu Sycylijczycy.

Bardzo znaczącym okresem był okres świątynny. W latach 3600 – 2500 p.n.e.  na Malcie i Gozo powstało wiele neolitycznych kompleksów świątynnych, z których kilka zachowało się do dziś. Ggantija Teple na Gozo to najstarsza wolnostojąca budowla na świecie.

Z epoki brązu na Malcie i Gozo zachowały się tajemnicze ślady zwane cart ruts, które tworzą wyryte w kamieniu rowy przypominające ślady kół, formując drogi i skrzyżowania. Ich znaczenie do dziś nie zostało wyjaśnione.

Około 1000 r. p.n.e. Malta została skolonizowana przez Fenicjan, którzy traktowali wyspę jako placówkę wypadową na Morze Śródziemne. Zasiedlili wtedy tereny dzisiejszej Mdiny i Rabatu. Nazywali wyspę Malat, co oznacza „schronienie”.

W VIII w. p.n.e. Malta trafiła pod panowanie Greków, następnie wyspa przechodziła w ręce Kartagińczyków, Rzymian, Wandalów i Ostrogotów.

Od 533 r. znalazła się pod panowaniem Bizancjum, następnie Arabów (870 r.).

Podczas wojny punickiej Malta miała duże znaczenie – stała się bazą wojenną floty kartagińskiej, ale po przejęciu jej przez Rzymian została zaniedbana.

Około 60 r. n.e. do wybrzeży Malty dopłynął zepchnięty podczas burzy statek, na którym płynął Apostoł Paweł, by wstawić się do Rzymu na wezwanie sądu. Św. Paweł był pierwszym misjonarzem na tym lądzie, ale proces chrystianizacji datuje się na okres bizantyjski (VI – VIII w. n.e.). W 870 r. Malta została przejęta przez Arabów. To właśnie ich język jest podstawą używanego dziś języka maltańskiego.

W 1091 r. Malta została przejęta przez Rogera Normandczyka i na kilkaset lat znalazła się pod panowaniem władców sycylijskich.

W XIII wieku panowali tu królowie Aragonii. Ich spadkobierca Karol V w 1530 r. osadził na wyspie joanitów, którzy wsławili się bohaterską obroną wyspy przed tureckim sułtanem Sulejmanem Wspaniałym w 1565 r. Rycerze stali się obrońcami Maltańczyków przed barbarzyńskimi korsarzami, którzy nieustannie łupili wyspę i uprowadzali ludność do niewoli.

Po oblężeniu tureckim siedziba joanitów – ówczesny Birgu, który został po zwycięstwie przemianowany na Vittoriosę, była tak zniszczona, że wielki mistrz zdecydował o zbudowaniu nowej stolicy. Miasto powstało w pobliżu fortu św. Elima wg projektu Francesco Laparelli i przybrało nazwę na cześć wielkiego mistrza la Valette – Valletta. Prace podjęto w 1566 r. Dwa lata później do grona budowniczych dołączył maltański architekt i inżynier Girolamo Cassar, którego prace można podziwiać do dziś.

Kolejnym punktem zwrotnym w historii stała się rewolucja francuska. Joanici za wsparciem Ludwika XVI zostali pozbawieni majątków we Francji i obywatelstwa. A pozyskanie protektoratu cara Rosji Pawła I spowodowało atak Napoleona na wyspę i w konsekwencji zmuszenie rycerzy do opuszczenia wyspy. Po kilku miesiącach niezadowoleni z rządów francuskich mieszkańcy wyspy wzniecili powstanie i wspomagani przez Króla Sycylii i Brytyjczyków w 1800 r. zmusili wojska francuskie do poddania się. Malta przeszła pod protekcję Wielkiej Brytanii.

W latach 1814 – 1815 kongres wiedeński ustanowił Maltę kolonią brytyjską. Wyspa stała się brytyjską bazą okrętów podwodnych w czasie II wojny światowej, stwarzając poważne zagrożenie dla dostaw zaopatrzenia wojsk Osi w Afryce Północnej, które przystąpiły do oblężenia wyspy, niszcząc konwoje
z zaopatrzeniem płynące do Malty, intensywnie ją bombardując oraz zastawiając minami.

Spowodowało to czasową utratę przez aliantów możliwości podejmowania działań zaczepnych z Malty. Niemcy zrezygnowali jednak z planowanej inwazji koncentrując wysiłki na zdobyciu Egiptu. Ten okres był szczególnie ciężki dla ludności cywilnej, która cierpiała z powodu braku żywności. Po oblężeniu przydział chleba dla cywilów spadł do niecałych 300 gram. W 1942 roku wyspa została  odznaczona Krzyżem Jerzego.

W 1947 roku Malta uzyskała autonomię wewnętrzną, a w 1963 proklamowane zostało powstanie Państwa Maltańskiego. Rok później Malta uzyskała całkowitą niepodległość jako członek brytyjskiej Wspólnoty Narodów. Podpisany został też układ obronny z Wielką Brytanią, który zezwalał na utrzymanie na Malcie brytyjskich baz wojskowych.

13 grudnia 1974 proklamowana została Republika Malty (Repubblika ta’ Malta).

1 maja 2004 Malta przystąpiła do Unii Europejskiej.